Ang isang itlog ng Pasko ng Pagkabuhay sa trailer ng Captain Marvel ay nagpapatunay na ang pelikula ay kasangkot sa The Avengers 'Project PEGASUS - isang banayad na kurbatang sa Infinity Stones. Si Kapitan Marvel ay tila nagsisilbing isang prequel sa buong franchise ng Avengers, na inilalantad ang isang hindi pa nakikita nang maagang pakikipagsapalaran nina Nick Fury at Phil Coulson. Ito ay lumilitaw upang ipakita kung bakit si Fury ay naging isang mananampalataya sa mga superhero, kasama si Captain Marvel na nagsisilbing inspirasyon para sa buong Avengers Initiative. Ngunit mukhang ang mga koneksyon ay maaaring tumakbo ng mas malalim kaysa doon.
Ang Proyekto PEGASUS ay nakuha nang diretso mula sa komiks, kung saan ito ay naisip bilang isang pang-agham na base sa Adirondack Mountains. Ito ay orihinal na inilaan upang pangasiwaan ang pananaliksik sa mga alternatibong anyo ng enerhiya, ngunit ito ay unti-unting naging sentro para sa ilan sa mga advanced na teknolohiya sa mundo. Ang bersyon ng MCU ay unang isinangguni sa Iron Man 2, na ipinahayag na si Howard Stark ay nasangkot sa proyekto bago siya namatay noong 1991. Sa wakas nakita ito sa malaking screen sa The Avengers noong 2012, nang si Loki ay na-infiltrate ang pasilidad nito sa Mojave Desert.
Ang pangalawang trailer Marvel trailer ay sa wakas ay nakumpirma na ang Project PEGASUS ay lilitaw sa pelikula. Isang eksena sa trailer ang nakita nina Nick Fury at Carol Danvers na nakawin ang isang Quinjet - ang isa ay may logo ng PEGASUS sa pakpak nito. Tila kinunan ng Fury si Kapitan Marvel sa isang base ng PEGASUS, na may katuturan; ang Captain Marvel teaser ay nagpakita ng isang Quinjet na lumilipad sa espasyo, at kahit na ang mga modernong Quinjets ay walang kakayahan. Ngunit ang isang PEGASUS Quinjet - marahil isang rarer na disenyo, na binuo bilang isang resulta ng isang pakikipagtulungan sa pagitan ng SHIELD at NASA - ay maaaring magawa iyon.
Ang sanggunian ng PEGASUS ay mahalaga para sa isa pang kadahilanan, gayunpaman. Mahalagang tandaan na, sa The Avengers, ang base ng PEGASUS sa Mojave Desert ay ang lugar kung saan sinisiyasat ng SHIELD ang kapangyarihan ng Tesseract. Dahil sa Mojave Desert ay pangunahing matatagpuan sa timog California at naganap ang Kapitan Marvel sa Los Angeles (habang nasa Earth), malamang na ito ay ang parehong pasilidad. Ang Space Stone ay nakuha ni Howard Stark minsan bago siya namatay; dati siyang nakikipagtulungan sa PEGASUS, kaya posible na pinag-aralan niya ang Tesseract doon, at ito ay nanatili sa pag-install ng Mojave Desert hanggang sa pagdating ni Loki sa pelikulang The Avengers.
Kapansin-pansin na ang Ben Mendelsohn's Captain Marvel character na Talos, ang pinuno ng Skrull war-leader na ginamit ang kanyang mga kapangyarihan sa pagbubuo upang makapasok sa SHIELD, ay lilitaw upang mamuno sa isang security team sa PEGASUS base. Ito ba ay nagkataon lamang - o na-target ba ng Skrull ang tiyak na pag-install na ito para sa isang kadahilanan? Ang Tesseract ay maaaring maging isang mahalagang bahagi ng balangkas ni Kapitan Marvel; marahil natutunan ng Skrulls na ang Space Stone ay nasa Lupa, at ang kanilang buong pagsalakay ay talagang isang pagtatangka upang makuha ito. Mayroong isang comic book na nauna sa ideyang iyon; sa kaganapan ng Lihim na Pagsalakay ng 2007, ang Skrulls ay nakatuon ng isang kamangha-manghang dami ng pagsisikap sa pagkuha ng advanced na teknolohiya na itinago sa PEGASUS, at maaari silang magkaroon ng parehong motibo dito. Kung ito ang tunay na kaso, at kung ang Tesseract ay gumaganap ng isang bahagi sa pelikulang ito, kung gayon si Kapitan Marvel ay hindi lamang isang prequel na kwento para sa prangkisa ng Avengers; sa halip ay itatakda nito ang eksena para sa buong MCU.
